COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 1.955500 1.955500 1.853165
2021-07-05 17:00:00 2.139991 2.139991 1.836502
2021-07-04 17:00:00 1.923810 1.923810 1.837063
2021-07-03 17:00:00 1.644493 1.644493 1.815519
2021-07-02 17:00:00 1.714347 1.714347 1.804189
2021-07-01 17:00:00 1.908265 1.908265 1.799921
2021-06-30 17:00:00 1.765723 1.765723 1.798194

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 2.917772 2.917772 2.064151
2021-07-05 17:00:00 1.871658 2.475685 2.067388
2021-07-04 17:00:00 1.460280 1.460280 2.061189
2021-07-03 17:00:00 1.351351 1.351351 2.046105
2021-07-02 17:00:00 1.721557 1.721557 2.021171
2021-07-01 17:00:00 4.694836 2.629108 2.079753
2021-06-30 17:00:00 2.771180 2.771180 2.081112

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 3.381643 3.381643 3.235888
2021-07-05 17:00:00 2.173913 0.458716 3.065340
2021-07-04 17:00:00 3.797468 3.797468 3.378554
2021-07-03 17:00:00 5.045872 5.045872 3.633511
2021-07-02 17:00:00 1.465201 1.465201 3.675071
2021-07-01 17:00:00 7.142857 7.142857 4.044642
2021-06-30 17:00:00 3.333333 3.333333 4.187461

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 1.305221 1.305221 1.614583
2021-07-05 17:00:00 2.040816 1.478415 1.583189
2021-07-04 17:00:00 1.552393 1.552393 1.624060
2021-07-03 17:00:00 3.311650 3.311650 1.646168
2021-07-02 17:00:00 0.732394 0.732394 1.661512
2021-07-01 17:00:00 1.453175 1.453175 1.651848
2021-06-30 17:00:00 1.799856 1.799856 1.715216

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 5.270864 5.270864 6.021135
2021-07-05 17:00:00 7.789233 6.122449 6.258447
2021-07-04 17:00:00 5.702436 5.702436 6.344401
2021-07-03 17:00:00 7.066599 7.066599 6.404166
2021-07-02 17:00:00 5.587229 5.587229 6.428887
2021-07-01 17:00:00 4.969810 4.969810 6.538331
2021-06-30 17:00:00 6.802721 6.802721 6.639537

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 3.023118 3.023118 3.904732
2021-07-05 17:00:00 8.226950 4.160689 3.950645
2021-07-04 17:00:00 4.605846 4.605846 4.005511
2021-07-03 17:00:00 4.606662 4.606662 4.046959
2021-07-02 17:00:00 3.463855 3.463855 4.088711
2021-07-01 17:00:00 4.375897 4.375897 4.147373
2021-06-30 17:00:00 2.258469 3.607277 4.137124

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 1.625000 1.625000 1.964859
2021-07-05 17:00:00 0.576369 3.458213 1.918285
2021-07-04 17:00:00 1.829268 1.829268 1.819461
2021-07-03 17:00:00 1.434720 1.434720 1.742110
2021-07-02 17:00:00 2.896552 2.896552 1.715060
2021-07-01 17:00:00 2.060440 2.060440 1.723567
2021-06-30 17:00:00 1.304348 1.304348 1.661586

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 1.428923 2.153732 2.567564
2021-07-05 17:00:00 3.336013 3.336013 2.511057
2021-07-04 17:00:00 2.618297 2.618297 2.547010
2021-07-03 17:00:00 2.639752 2.639752 2.520890
2021-07-02 17:00:00 2.540691 2.540691 2.535637
2021-07-01 17:00:00 2.538787 2.538787 2.545058
2021-06-30 17:00:00 2.388759 2.388759 2.564178

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 0.443599 0.443599 0.584839
2021-07-05 17:00:00 1.098901 0.507614 0.618735
2021-07-04 17:00:00 0.781250 0.781250 0.636655
2021-07-03 17:00:00 0.362319 0.362319 0.631100
2021-07-02 17:00:00 0.729927 0.729927 0.639587
2021-07-01 17:00:00 0.761421 0.761421 0.651846
2021-06-30 17:00:00 0.730460 0.730460 0.663899

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 1.150758 1.150758 1.137453
2021-07-05 17:00:00 0.846052 1.150758 1.135342
2021-07-04 17:00:00 1.109229 1.109229 1.128718
2021-07-03 17:00:00 0.911458 1.198015 1.120111
2021-07-02 17:00:00 1.078431 1.078431 1.115343
2021-07-01 17:00:00 1.091405 1.091405 1.120650
2021-06-30 17:00:00 1.174542 1.174542 1.121619

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 4.382022 4.382022 2.604706
2021-07-05 17:00:00 1.173021 0.425080 2.414759
2021-07-04 17:00:00 3.565217 4.290947 2.278184
2021-07-03 17:00:00 3.579418 3.579418 2.163099
2021-07-02 17:00:00 2.975558 2.975558 2.049419
2021-07-01 17:00:00 4.655870 1.315789 1.929644
2021-06-30 17:00:00 1.222494 1.631321 1.792775

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 0.000000 0.000000 0.162499
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.156746
2021-07-04 17:00:00 0.681818 0.113636 0.182163
2021-07-03 17:00:00 0.300300 0.300300 0.235609
2021-07-02 17:00:00 0.000000 0.000000 0.291261
2021-07-01 17:00:00 0.373134 0.373134 0.377106
2021-06-30 17:00:00 0.381679 0.381679 0.417241

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 5.660377 2.075472 2.451057
2021-07-05 17:00:00 1.234568 1.234568 2.482985
2021-07-04 17:00:00 3.809524 3.809524 2.449941
2021-07-03 17:00:00 3.196347 3.196347 2.544574
2021-07-02 17:00:00 3.252033 3.252033 2.587280
2021-07-01 17:00:00 5.577689 1.593625 2.608345
2021-06-30 17:00:00 1.020408 1.020408 2.747224

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 0.214133 0.214133 0.644064
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.640227
2021-07-04 17:00:00 1.077199 1.077199 0.641459
2021-07-03 17:00:00 0.344828 0.344828 0.634124
2021-07-02 17:00:00 1.026393 1.026393 0.657022
2021-07-01 17:00:00 0.863558 0.863558 0.661280
2021-06-30 17:00:00 1.525054 1.525054 0.692166

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 0.845948 0.845948 0.651738
2021-07-05 17:00:00 0.649070 0.342544 0.643023
2021-07-04 17:00:00 0.960846 0.960846 0.650962
2021-07-03 17:00:00 0.462718 0.799269 0.658347
2021-07-02 17:00:00 0.425170 0.425170 0.661976
2021-07-01 17:00:00 0.456725 0.456725 0.672017
2021-06-30 17:00:00 0.780031 0.780031 0.697030

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 4.344678 4.344678 2.906830
2021-07-05 17:00:00 1.425856 1.425856 2.767825
2021-07-04 17:00:00 5.341880 5.341880 2.789908
2021-07-03 17:00:00 2.442827 2.442827 2.778091
2021-07-02 17:00:00 2.524956 2.524956 2.837699
2021-07-01 17:00:00 3.110420 3.110420 2.813606
2021-06-30 17:00:00 2.042007 2.042007 2.886677

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 1.247031 1.247031 0.866521
2021-07-05 17:00:00 1.477833 0.511364 0.840406
2021-07-04 17:00:00 1.902174 1.902174 0.839125
2021-07-03 17:00:00 0.358102 0.358102 0.841340
2021-07-02 17:00:00 1.178689 1.178689 0.828240
2021-07-01 17:00:00 0.568182 0.568182 0.814591
2021-06-30 17:00:00 0.885878 0.885878 0.809316

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 3.442505 3.442505 3.024276
2021-07-05 17:00:00 2.255932 2.255932 2.990497
2021-07-04 17:00:00 2.888700 2.888700 3.032744
2021-07-03 17:00:00 3.544036 3.544036 3.011276
2021-07-02 17:00:00 3.400355 3.400355 2.989062
2021-07-01 17:00:00 3.068996 3.068996 2.942957
2021-06-30 17:00:00 2.849117 2.849117 2.967824

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 1.381410 1.381410 1.158388
2021-07-05 17:00:00 2.513795 0.982742 1.130320
2021-07-04 17:00:00 1.184147 1.184147 1.110632
2021-07-03 17:00:00 1.232742 1.232742 1.102752
2021-07-02 17:00:00 1.390221 1.390221 1.088741
2021-07-01 17:00:00 1.119561 1.119561 1.094395
2021-06-30 17:00:00 0.768751 0.768751 1.088877

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 0.192308 0.192308 1.184725
2021-07-05 17:00:00 1.898734 0.603622 1.183663
2021-07-04 17:00:00 2.650602 2.650602 1.208965
2021-07-03 17:00:00 1.234568 1.234568 1.313636
2021-07-02 17:00:00 1.810865 1.810865 1.413636
2021-07-01 17:00:00 0.443131 0.678733 1.484263
2021-06-30 17:00:00 1.353638 1.353638 1.616405

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 0.000000 0.000000 0.457100
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.501395
2021-07-04 17:00:00 0.000000 0.000000 0.590507
2021-07-03 17:00:00 1.401869 0.000000 0.601471
2021-07-02 17:00:00 0.000000 0.000000 0.685032
2021-07-01 17:00:00 1.058201 1.058201 0.765420
2021-06-30 17:00:00 2.941176 2.941176 0.819867

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-06 17:00:00 3.128023 2.570205 2.743120
2021-07-05 17:00:00 3.501946 3.501946 2.725773
2021-07-04 17:00:00 2.475479 2.475479 2.718680
2021-07-03 17:00:00 1.176051 3.248031 2.658964
2021-07-02 17:00:00 3.082747 3.082747 2.629717
2021-07-01 17:00:00 2.340426 2.340426 2.572332
2021-06-30 17:00:00 2.713987 2.713987 2.527529

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.917772 2.917772 2.064151
Basilicata 3.381643 3.381643 3.235888
Calabria 1.305221 1.305221 1.614583
Campania 5.270864 5.270864 6.021135
Emilia-Romagna 3.023118 3.023118 3.904732
Friuli Venezia Giulia 1.625000 1.625000 1.964859
Lazio 1.428923 2.153732 2.567564
Liguria 0.443599 0.443599 0.584839
Lombardia 1.150758 1.150758 1.137453
Marche 4.382022 4.382022 2.604706
Molise 0.000000 0.000000 0.162499
P.A. Bolzano 5.660377 2.075472 2.451057
P.A. Trento 0.214133 0.214133 0.644064
Piemonte 0.845948 0.845948 0.651738
Puglia 4.344678 4.344678 2.906830
Sardegna 1.247031 1.247031 0.866521
Sicilia 3.442505 3.442505 3.024276
Toscana 1.381410 1.381410 1.158388
Umbria 0.192308 0.192308 1.184725
Valle d'Aosta 0.000000 0.000000 0.457100
Veneto 3.128023 2.570205 2.743120

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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